石材中的化学污染主要表现为水斑、锈斑、泛碱、变色、有机质污染等。出现水斑的原因很复杂，一般认为石材的吸水率较高，石材防护没做好锈斑的出现实际就是岩石中铁的成分氧化作用的结果。岩石中的铁一般都是以二价铁存在，但二价铁是不稳定的，与空气中的氧发生反应，变为三价铁，形成三氧化二铁。石材变色主要出现在化学稳定性差的石材品种上，在安装过程中就出现石材墙面由上至下逐渐变黄，随时间推移，整个墙面完全变黄。
1、锈斑预防锈斑的关键是在石材加工后要进行有效的表面处理，以防止含铁矿物氧化后渗出表面，一般使用油性防护剂。处理锈斑主要是除锈剂，但由于除锈剂多属于酸性，所以对不耐酸的石材如大理石、白云石质，使用前应进行试验，必要时加水稀。
2、水斑、湿痕预防水斑主要是注入树脂使石材防水，以阻隔空气中的水份与石材或水泥内部物质接触，降低其化学反应条件。处理水斑主要是采用渗透染色剂来改变原石材的颜色，“湿痕不干”可算是在国际上石材养护方面的一大难题。
3、白华现象、俗称流眼泪预防白华现象主要是在石材加工后用渗透型防护剂对石材进行六面防护处理。处理白华现象主要是用清水冲洗已清洗过的石材表面，使其达到中性为止，阴干后再对石材表面及接缝进行养护处理。去锈剂及去污剂应使用高氧性，配方温和，去除石材上的锈渍、茶渍、草绳渍、黄斑渍及金属氧化物，决不能伤害石材。
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